La AD Ceuta FC ha confeccionado su estructura organizativa de fútbol base, algo de lo que carecía el club y que unificará criterios de entrenamiento y de estilo de juego para conseguir tener una cantera que favorezca a la entrada de jugadores locales tanto en el primer equipo como en el filial. Estará coordinada por Javier Escámez quien tendrá como asesor de cantera al veterano jugador del filial de Tercera David Polaco .
El primer entrenador del conjunto juvenil será Abdeselam Haidor Ahmed, con Francisco Javier Castillo como segundo.
En categoría cadete, Juan Mur y Antonio Damián, que tendrán como segundo a Carlos Acevedo.
En categoría infantil: Damián Torres y Jesús Márquez, que tendrán a Javier Pereña y Llamal Mohamed como segundos entrenadores.
En alevines, Álvaro Sánchez y Francisco de Borja Sánchez serán los encargados de dirigir al Ceuta.
Y en benjamines y prebenjamines, Husein Ahmed será el primer entrenador e Ikram Abdelah será la asesora.
