Allá por el 1694, el sitio impuesto por Muley Ismail provocó que la población civil tuviese que refugiarse en la Almina, mientras que sus casas fueron ocupadas por el ejército. De ahí surgirá la necesidad de edificar un nuevo lugar de culto, agravado además por las incomodidades y estrecheces que padecía el cabildo catedralicio en el santuario de África. El Obispo don Sancho de Velunza y Corcuera se erigió en verdadero promotor de la empresa constructiva del nuevo templo, poniéndose la primera piedra el 5 de mayo de 1715 y bendiciéndose el 11 de octubre de 1716, bajo advocación de San Pedro Apóstol. No obstante, el no conservarse su primera advocación obedece a las discordias que sobrevinieron entre los cofrades de Nuestra Señora de los Remedios, discordias que el Obispo cortó disponiendo que la imagen de la misma fuese trasladada del santuario de África, donde entonces se veneraba, a la nueva iglesia, se colocara en lugar principal del retablo del altar mayor, como patrona y titular de la misma (el altar de San Pedro existe, aunque fue trasladado a mediados del siglo XX a la Catedral donde permanece en la nave lateral derecha).
El retablo mayor actualmente existente procede de la desaparecida iglesia de Nuestra Señora de Gracia, que perteneció a la Orden de los Trinitarios Descalzos, está fechado en el segundo tercio del siglo XVIII, siendo dorado hacia 1790. Por las cuentas de 1716 consta que el citado Obispo mandó hacer en Málaga este retablo que importó 400 reales, y una pila bautismal de jaspe que costó 300 reales, y 420 la conducción de ambos objetos a Ceuta (la pila bautismal se identifica con la que hoy continúa existiendo en el templo).
Consta igualmente por las cuentas de 1718 que la escultura de Santo Domingo importó 986 reales, y la de San Pedro y su retablo 4749.
Además, en 1727 existían en los Remedios los altares de Nuestra Señora del Rosario, Santo Domingo de Guzmán y San Miguel, esta última en las dependencias de la Catedral actualmente.
Según la visita de fray Domingo de Benaocaz (futuro Obispo de Ceuta desde 1785 a 1811), hecha en 1737, había entonces en los Remedios un precioso relicario que aún subsiste en el altar de la Purísima. Este Ilmo. Sr. Obispo hizo un nuevo retablo para la capilla mayor de Nuestra Señora de los Remedios. Al efecto encargó cuatro lienzos a D. Diego Gutiérrez, Académico de Bellas Artes y pensionado en Roma por el Rey, quien los pintó en 1796. Dos de ellos eran iguales y representaban la Anunciación de la Santísima Virgen y la Adoración del Niño Jesús por los Reyes Magos; otro de medio punto, el nacimiento del Verbo Divino hecho hombre; y otro más pequeño, a la Santísima Virgen en su Soledad (salvo el de medio punto, los otros tres se conservan en la catedral, los grandes en el altar mayor y el más pequeño en la girola, sobre la puerta de entrada de la sacristía).
Respecto al programa iconográfico, éste ha variado sensiblemente a lo largo del tiempo. Actualmente la hornacina central la ocupa la Titular del templo, obra barroca profundamente remodelada por Manuel Pineda Calderón en 1967, aunque el Niño (conservado en el museo catedralicio) fue ejecutado por Antonio Castillo Lastrucci, autor también de San José acuñando al Niño que podemos observar en la calle lateral izquierda. Sobre esta escultura, en el medallón, se representa a Santa Inés, ataviada como joven doncella con túnica roja y manto azulado, portando en su mano derecha un cordero. Así pues, podemos apreciar un San Rafael ataviado con indumentaria de peregrino (fechado a mediados del siglo XVIII) y a una Santa no identificada, por haber perdido su atributo, en las calles lateral izquierda y derecha, respectivamente. En el manifestador se encuentra un Cristo Crucificado, ya muerto, con tres clavos y cruz arbórea. En el ático figura un relieve representando a la Trinidad.
Sobre la puerta de la sacristía, en una hornacina, se halla una escultura moderna del Sagrado Corazón de Jesús. En la capilla adosada al crucero reciben culto las imágenes titulares de la Cofradía del Santísimo Cristo de la Buena Muerte, obra de Castillo Lastrucci y Nuestra Señora del Mayor Dolor, cuyo autor fue el escultor Juan de Astorga.
Si nos dirigimos a los pies de la iglesia, apreciamos una escultura de la Virgen del Rosario, obra barroca fechable en la primera mitad del siglo XVIII. En el resto de la nave encontramos imágenes modernas de la Virgen Milagrosa, Crucificado, San Joaquín y Santa Ana (las primitivas fueron sustituidas a finales de siglo por otras dos de cartón madera, regalo de doña Ana León de Mesa). También hay pinturas, igualmente modernas, de la Virgen del Perpetuo Socorro y el Bautismo de Cristo, esta última firmada por J. M. Alcántara.
