Abe, de 67 años, ha fallecido en el Hospital de la Universidad Médica de Nara, donde estaba recibiendo tratamiento médico tras el tiroteo.
El mandatario japonés entró en parada cardiorespiratoria tras los disparos y fue trasladado de urgencias al hospital. Los médicos pasaron cuatro horas y media tratando de salvarle la vida.
El tiroteo ocurrió sobre las 11:30 hora local (02:30 GMT) del viernes, según indicó el secretario jefe de su gabinete, Hirokazu Matsuno.
El presunto atacante, que se informó que era un hombre de unos 40 años, ha sido arrestado.